三月二十二日，燕军进兵夹河。盛庸仍结下坚阵，备大量火枪强弩。朱棣利用建文帝严禁伤害燕王之旨，亲自率几个轻骑兵掠过南军阵地侦查。盛庸不敢开枪，只得派出自己的骑兵追赶朱棣，不了了之。侦查后，朱棣率领一万骑兵和五千步兵攻击盛庸军左翼，不能入。此时燕将谭渊望见已经开战，于是主动出兵攻打。盛庸部将庄得死战，会合盛庸军，斩杀谭渊。朱棣、朱能等则趁南军调动产生的混乱，趁暮色向南军后方猛攻，斩杀庄得。盛庸稳住了阵脚，天色已晚，双方罢兵。此战杀伤相当，但燕军损失了大将谭渊。

    当夜，朱棣率领十余人在盛庸营地附近露宿；三月二十三日清晨，朱棣发现被南军包围。朱棣再次利用禁杀之旨，引马鸣角，穿过敌军，扬长而去。南军愕然，不敢射箭，朱棣回到营中，鼓励众将“两军相当，将勇者胜”，于是燕军在东北方向，盛庸军在西南方向，再次会战。燕军左右冲击，盛庸坚守，双方互有胜负。战斗打了三四个时辰后，突然刮起了强烈的东北风，尘埃蔽天。南军风沙，根本没法作战；燕军则乘风大呼，纵左右翼横击之，盛庸大败，损失了数万人后，退回德州。吴杰、平安引兵准备会合盛庸，闻庸已败，退回真定。夹河之战结束。夹河之战重新确立了燕军的优势。闰三月初四，建文帝因夹河之败，再次罢免齐泰、黄子澄，谪出京城，暗中令其募兵。

    击败盛庸后，朱棣进军真定。考虑到攻城较困难，决定诱敌出战。于是下令军中四出取粮，而用间谍向吴杰等透露此事。吴杰等见状，决定袭击燕军。闰三月初九，两军会于藳城，遂交战。南军列方阵，朱棣则率精锐攻其东北角以破阵。燕将薛禄由于马失足被擒，但夺敌刀斩数人后，夺马逃走。此战大量燕军被南军的火枪和弓弩所伤，朱棣的帅旗被射得像刺猬一样；但是，由于朱允炆的禁杀之旨，朱棣本人反而没事。

    次日，两军再次交战。在战斗中突然又刮起了猛烈的大风，南军不能支，大败而去。燕军四面围攻，斩首六万余级。吴杰、平安等逃回真定，坚守不出。朱棣将射成刺猬的军旗送回北平，令世子朱高炽妥善保存，以警示后人。从白沟河、夹河到藳城，燕军三次得大风相助而胜，朱棣认为这是天命所在，非人力所能为Ｘιèωèи.ＣoＭ

    间接作战

    夹河、藳城之战再次使南军损失惨重，正面战场战事稍缓和。南军改为通过谈判、反间、袭击后方等方式间接作战。击败平安后，燕军南下，先后经过顺德、广平、大名，并驻扎于大名。诸郡县望风而降。

    朱棣听说齐泰和黄子澄被贬，上书和谈，表示“奸臣窜逐而其计实行，不敢撤兵”。朱允炆得书，与方孝孺讨论，方孝孺表示可以借此机会遣使回报，拖延时间，并懈怠其军心；同时令辽东等军队攻其后方，以备夹攻。于是（四月）建文帝令大理寺少卿薛嵓去见朱棣，传诏并秘密在军中散布相关消息。薛嵓见朱棣，说“朝廷言殿下旦释甲，暮即旋师。”朱棣表示这连三尺小儿也骗不过。薛嵓无言以对，五月初一，盛庸、吴杰、平安等分兵骚扰燕军饷道。朱棣遣使者进京表示盛庸等不肯罢兵，必有主使。建文帝听从方孝孺的意见，将其下狱（一说诛杀），和谈破裂。朱棣见和谈破裂，决定袭击南军饷道，以使德州南军陷入困境，遂令都指挥李远率兵六千，换穿南军甲胄，从济宁南下；六月十五日，燕军瞒过南军到达沛县，成功焚烧大量南军粮船，河中鱼鳖尽死。南军损失粮食数百万石，京师大震，德州陷入窘境。

    七月，燕军进攻彰德，林县投降。七月初十，平安自真定趁虚攻北平，扰其耕牧。朱高炽固守。朱棣分兵回援；九月十八日，平安与战不利，退回真定。由于河北战事不利，方孝孺想出了反间计，利用朱高炽（长子）和朱高煦（次子）的矛盾，先写一封信给守北平的高炽，令其归顺朝廷，许以燕王之位；然后派人告诉朱棣和高煦（随军）世子密通朝廷，以使燕军北还。但朱高炽得到信后，根本没有拆开，将朝廷使者连人带信一起送往朱棣处。反间计失败。七月十五日，盛庸令大同守将房昭入紫荆关威胁保定，据易州西水寨以窥北平。朱棣见状，只得回兵救援。朱棣分兵守保定，并包围房昭的山寨。十月初二，燕军与真定援兵和房昭军决战，朱棣令勇士悄悄登山，在敌后大张旗帜。南军山寨见状大乱，与真定援兵一齐崩溃。房昭退回大同。十月二十四日，燕军回到北平。之后又击败了袭永平的辽东敌军。

    至此，燕军靖难已有两年多。虽然屡战屡胜，但因兵力不足，无法巩固并扩张胜利，往往放弃新取之地；仅能据有北平、保定、永平三个郡。

    燕军南下

    建文三年（1401年）冬，朱棣决定直接率兵南下，临江一决。道衍亦支持不再与盛庸、平安等纠缠，直趋京师。十二月初二日，燕师复出。十二月十二，到达蠡县（约在保定以南50公里）。建文四年（1402年）正月，先后击败德州的一支分队和平安的部队，于是燕军南下（路线大致位于现京九铁路和京广铁路之间）至馆陶渡河（进山东），并长驱直入。正月十二日，燕军在馆陶渡